以下のコードをfunction.phpに書く！

function custom_change_posts_per_page($query) {
  if ( is_admin() || !$query->is_main_query() ) {
    return;
  }

  // アーカイブページかつカスタム投稿タイプ "hoge" の場合 1ページごとの表示投稿数"12"
  if ( is_post_type_archive('hoge') ) {
    $query->set('posts_per_page', 12);
  }
}
add_action('pre_get_posts', 'custom_change_posts_per_page');